Bộ Tư lệnh Tác chiến không gian mạng được thành lập theo Quyết định số 1198/QĐ-TTg ngày 15 tháng 8 năm 2017 của Thủ tướng Chính phủ trên cơ sở nâng cấp từ Cục Công nghệ Thông tin thuộc Bộ Tổng Tham mưu. Lễ công bố Quyết định thành lập Bộ Tư lệnh 86 được tổ chức ngày 8 tháng 1 năm 2018, tại Hà Nội.[1][2][3]

Ngày 30 tháng 3 năm 2018, Bộ Tư lệnh Tác chiến không gian mạng được bàn giao nguyên trạng từ Bộ Tổng Tham mưu về trực thuộc Bộ Quốc phòng.[4]

Ngày 24 tháng 7 năm 2018, Bộ Tư lệnh Tác chiến không gian mạng tổ chức Lễ công bố quyết định thành lập các đơn vị trực thuộcː Lữ đoàn 1, Lữ đoàn 2, Lữ đoàn 3, Trung tâm Kiểm định, Trung tâm Dữ liệu Bộ Quốc phòng, Viện 10[5]